Zoals hieronder beschreven, was de tweede wereldoorlog een zware tijd voor Archipel. De voorzitter en secretaris warden gefusilleerd en Archipel moest haar terrein verlaten.
De toenmalige voorzitter en secretaris van HVV Archipel, respectievelijk Joop van Leeuwen en Willem Gerrese, drukkers van de illegale krant ‘Het Parool’ werden op 5 februari 1942 in hun drukkerij en kantoorboekhandel aan de Weimarstraat 402 te Den Haag gearresteerd. Dit na verraad. Vervolgens werden zij gevangen gezet in het beruchte Oranjehotel, kamp Amersfoort en vervolgens kamp Vught. Zij werden ter dood veroordeeld op 19 december 1942 en op 5 februari 1943, exact 1 jaar na gevangenneming, op vliegveld Soesterberg gefusilleerd. Zij zijn slechts 36 en 33 jaar geworden en rusten op de Eerebegraafplaats Bloemendaal. In Den Haag is in mei 1988 een straat naar Willem Gerrese vernoemd en in Amsterdam werd op 17-10-1984 het Willem Gerrese-pad naar hem vernoemd. Tijdens de arrestatie van beide verzetslieden en hun compagnon mevrouw W.F. Kockx werd een zeer groot deel van het toenmalige archief van HVV Archipel in beslag genomen. Dit archief is nooit meer is teruggevonden. Hierdoor is relatief weinig bekend over de vooroorlogse jaren van Archipel. Na de arrestatie wordt het voorzitterschap vervult door Henk de Bruijn en het secretariaat door Dick Reijersen.
In totaal lieten vier Archipel leden het leven tijdens de Tweede Wereldoorlog. Naast bovengenoemde bestuursleden waren dit de heer Dirk Braam (noodlottig ongeval) en de heer J.J. ten Hove.
Zoals eerder beschreven kwam Archipel in de jaren dertig in het bezit van een tweetal tenten waar een beperkt aantal consumpties konden worden verkregen en waar werd omgekleed. De consumptietent werd uitgebaat door de heer en mevrouw (moedertje) Henneken. Dit tot augustus 1943. Vanaf die tijd werd de consumptietent verpacht aan de heer J.C. Tazelaar, die ook het beheer van de velden op zich nam. Dit heeft echter niet lang mogen duren. Nadat het Archipelterrein eind 1943 binnen het “Sperrgebiet” kwam te liggen, werd Archipel gedwongen haar terrein te verlaten en ging (tijdelijk) spelen op het terrein van Postalia. Eind 1943 werden de (consumptie)tenten (in niet al te beste staat) verkocht.
Om de financiën op peil te houden werd het Archipelterrein regelmatig onderverhuurd. Zo huurde voetbalvereniging V.U.F. vanaf 5 juli 1940 het 2e veld en huurde voetbalvereniging S.A.C. tot 1 september 1943, de datum dat zij fuseerde met Geel Zwart Boys, een veld. Vervolgens werd de voetbalvereniging Terlaak onderhuurder. Zij huurde 1 maal in de 14 dagen het eerste veld, zodat de ene week Archipel en de andere week Terlaak de beschikking had over het 1e veld.
In het seizoen 1941-1942 behaalt Archipel 5 het kampioenschap 4e klasse afdeling ‘s-Gravenhage van de KNVB (zie foto hieronder) en in het seizoen 1942-1943 behaalt het 1e elftal het kampioenschap 4e klasse B van de HVB.
Op 23 november 1943 werd door de Duitse bezetter het gebied achter de duinen bij de Waalsdorpervlakte als “sperrgebiet” betiteld. Verboden toegang dus en hier vielen ook de vier Archipel-velden onder. De HVV Archipel moest dus gedwongen, voor enige jaren zelfs, uitwijken naar een andere locatie. In eerste instantie werd Archipel door de voetbalbond bij de voetbalvereniging Paraat ondergebracht, maar de ligging van het Paraat-terrein lag voor de Archipel-leden ongunstig. Voorzitter Henk de Bruijn had dan ook zijn oog laten vallen op het Postalia-terrein aan de Buurtweg. Er waren toentertijd al ‘warme contacten’ tussen Postalia en Archipel, omdat oud-speler van Archipel, Gerrit Nijhuis, mede-oprichter en voorzitter van Postalia was. Zodoende bracht het bestuur van Archipel de club op 23 december 1943 onder bij Postalia.
De Tweede Wereldoorlog was nog steeds gaande en de omstandigheden waren zo verslechterd dat het reizen als een gevaarlijke bezigheid werd beschouwd. Na de gebeurtenissen in Nederland op 5 september 1944, beter bekend als “Dolle Dinsdag”, kon onder meer de voetbalcompetitie wel worden vergeten. Vanaf de tweede helft van 1944 is er door Archipel (en in heel Nederland) nauwelijks meer gevoetbald. Op het eigen terrein aan de Buurtweg kon men niet meer terecht. Veel leden bleven verplicht in het buitenland en het terrein van Postalia was ook al onbereikbaar, omdat in de omgeving van het Postalia terrein mijnen lagen. Tijdens deze “Hongerwinter” tot aan de bevrijding bestond Archipel eigenlijk slechts statutair.
Het eigen terrein van Archipel aan de Buurtweg was tijdens de oorlog helemaal omgeploegd. Nadat men ook niet meer bij Postalia terecht kon, is nog kort op het terrein van VCS gespeeld. Hierop werd in juli 1945 van de Stichting Haagsche Sport en Speelterreinen een veld van VCS, gelegen in het Zuiderpark, gehuurd. Hier doemden echter al snel problemen op. Het bleek namelijk een erg slecht veld te zijn, werd niet onderhouden, er werden geen lijnen gekalkt, er konden geen spullen worden opgeslagen en regelmatig bleken andere verenigingen, tegen de afspraak in, gebruik van dit voetbalveld te maken. Op 10 oktober 1945 werd de huur overeenkomst voor het VCS veld beëindigd en kon men gebruik gaan maken van een veld van Wilhelmus.
Op woensdag 4 juli 1945 werd de eerste vriendschappelijke wedstrijd gespeeld. Tegenstander was een Laakkwartier-combinatie (Eindstand 3-3 met goals voor Archipel door Arie Wanrooy en Cees Schoenmaker).
Ook het Zilveren Bal Toernooi werd weer georganiseerd. Dit vanaf 19 augustus 1945. De loting vond plaats in ‘clublokaal café de Archipel’ aan de Bankastraat, terwijl het toernooi zelf werd gespeeld op het terrein van Wilhelmus. (Finale Texas-Wilhelmus 3-2).
Op maandag 16 juli 1945 vond in Diligentia aan het Lange Voorhout een eerste Algemene Leden Vergadering plaats. Gekozen werden Henk de Bruijn (voorzitter), Jaap Bezuijen (secretaris), wiens functie in september dat jaar over zou gaan naar Dick Reijersen, Chris Driehuijs (penningmeester), Dorus Wijnekus (2e voorzitter), Nelis Sloover (2e secretaris), Gerard Driessen (2e penningmeester) en de commissarissen Willem Weezenaar, Nico Huisman en Leen Zuidwijk.
Het was nu wachten op de vele spelers en leden, die met name uit Duitsland moesten terugkeren. Daarnaast was het wachten op het moment dat de eigen voetbalvelden weer konden worden bespeeld.